Bcl-2——细胞凋亡的明星分子，是细胞凋亡研究中最受重视的靶点之一，因其抗凋亡的功能素有细胞“守护神”的美誉。Bcl-2蛋白主要定位于线粒体，在内质网和连续的核周膜也有表达。Bcl-2在细胞中广泛存在，在星形胶质细胞、施万细胞和T细胞中表达较高。其主要功能是通过抑制Bax等促凋亡因子的活性来保护细胞免受凋亡的影响。
Bax——促凋亡蛋白，和Bcl-2蛋白同属于Bcl-2家族，通过调节线粒体膜通透性来决定是否启动凋亡过程。其作用主要通过增加线粒体膜的通透性，释放细胞内的细胞色素C等凋亡相关因子到细胞质中，从而启动凋亡程序。Bax和Bcl-2是相互对立的一对靶点，实验中往往同时使用以判断细胞是否发生了凋亡。
AIF——凋亡诱导因子，通常存在于线粒体内外膜之间，具有维持线粒体结构和稳定呼吸链的作用。在凋亡刺激下，AIF蛋白N端被剪切，AIF从线粒体释放到胞质中，随后又进入细胞核中。在细胞核中，AIF招募蛋白酶和核酸酶，进而降解染色质和DNA，导致细胞凋亡。
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