Affymetrix SNP芯片服务

芯片推荐：Genome-Wide Human SNP Array 6.0
芯片介绍：Affymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0芯片产品涵盖超过1,800,000个遗传变异标志物：包括超过906,600个SNP和超过946,000个用于检测拷贝数变化（CNV, Copy Number Variation）的探针:

• 482,000个SNP来自于前代产品500K和SNP5.0芯片；
• 424,000个SNP包括国际HapMap计划中的标签SNP，X，Y染色体和线粒体上具有代表性的SNP,以及来自于重组热点区域和500K芯片设计完成后新加入dbSNP数据库的SNP；
• 202,000个用于检测5,677个已知拷贝数变异区域的探针，这些区域来源于多基因组变异体数据库。该数据库中3,182个非重叠片断区域平均用61个探针来检测；
• 744,000个探针平均分配到整个基因组上，用来发现未知的拷贝数变异区域。

Affymetrix SNP6.0 芯片物理覆盖度

芯片推荐：Affymetrix Mouse Diversity Genotyping Array

芯片介绍：这款芯片与Human SNP 6.0 芯片类似，既包含SNP探针，也包含CNV探针。一共涵盖623,000个SNP和916,000个CNV位点。
 

产品资料：Axiom® Rice Genotyping Array DataSheet 

SBC也可为您提供以下物种的Affymetrix SNP芯片服务：犬、稻、生菜、胡椒、拟南芥、玫瑰、草莓、鳟鱼

基于GeneTitan平台的Axiom基因分型芯片
Affymetrix Axiom平台支持全基因组关联和候选基因关联相关研究。研究者将不再受困于固定内容的芯片，全新的基因分型平台采用酶介导、单碱基测序步骤来确保实验的低成本、分型结果的高重复性和流程的全自动化。该产品参照HapMap和千人基因组计划(1KGP)数据库设计探针，与GeneTitanTM配套使用。

芯片推荐：Axiom® Biobank Genotyping Arrays
芯片介绍：能经济地对大样品集合进行基因分型，如生物样本库、基因组中心及核心实验室筛查的样品。芯片有目录版本和定制版本可供选择。

• 功能强大、适合主要人类族群的高覆盖度分析的全基因组关联研究（GWAS）分型模块；
• 适合外显子组分析Axiom® Exome外显子分型模块；
•  吸收、分布、代谢和排泄(absorption, distribution, metabolism, and excretion ,ADME)及其他临床相关的标记；
•  新发现的功能丧失变异，包括外显子组测序项目中发现的序列插入和缺失。

芯片推荐：Axiom® miRNA Target Site Genotyping Arrays
芯片介绍：一款人类全基因组范围评估miRNA靶基因位点的高密度基因分型工具。该芯片可检测在miRNA级联放大反应中影响基因功能的238,000个SNP和插入缺失位点，包括miRNA、它们的mRNA靶基因位点以及沉默机制相关的位点。其中80%的位点是在其他相关基因分型芯片上所没有的。因此也可以用它来补充一些GWAS研究和基因调控相关的研究

芯片推荐：Axiom® Genome-Wide Population-Optimized Human Arrays
芯片介绍：覆盖不同人种的稀有和常见变异，关注与疾病密切相关以及功能相关的SNP，包含Axiom®中国人基因分型芯片(CHB 1和CHB 2)。

芯片推荐：人 Axiom® Exome Genotyping Arrays
芯片介绍：完整的外显子组基因分型芯片，可筛查功能变异，有助于更好的发现新的人类编码区SNP以及插入缺失。

芯片推荐：牛 Axiom® Genome-Wide BOS 1 Bovine Array
芯片介绍：此款芯片是与牛基因分型领域的重要科学家合作开发的，实现了准确的遗传价值评估、全基因组关联研究(GWAS)、生物多样性和连锁不平衡（LD）研究。此芯片旨在大限度提高Bos taurus和Bos indicus品种的遗传和物理SNP覆盖度。芯片超过640,000个SNP标记，代表了来自Affymetrix牛基因组数据库的大约300万个SNP的遗传多样性。

芯片推荐：水牛 Axiom® Buffalo Genotyping Array
芯片介绍：Axiom® Buffalo Genotyping Array带来了多个物种和品系的水牛（Bubalus bubalis bubalis和Bubalus bubalis carabanensis）中多态性SNP全基因组范围覆盖，这些水牛是意大利、巴西和南亚重要的肉牛和奶牛之一。此芯片是目前市场上一款高密度的水牛基因分型工具，含有90,000个常见和稀有标记。。

芯片推荐：鸡 Axiom® Genome-Wide Chicken Genotyping Array
芯片介绍：此芯片是第一款商业化的高密度鸡基因分型芯片。此芯片包含580,000常见和稀有的变异标记，这些标记存在于商业的蛋鸡和肉鸡以及非商业的远交群中。它适用于蛋鸡和肉鸡的基因组选择研究、全基因组关联研究、高分辨率遗传图谱、孟德尔性状作图及选择进化研究。

芯片推荐：玉米 Axiom® Maize Genotyping Array
芯片介绍：玉米是一个二倍体物种（n=10），其基因组大小为2.5Gb。不同品种的玉米基因组表现出重复DNA和高的基因组与结构多样性。玉米还表现出50-300bp的极低连锁不平衡（LD），从而需要非常高密度的芯片来研究单倍型结构和基因组多样性。Axiom Maize Genotyping Array带来了极高密度的（600K）全基因组SNP覆盖。这些多态性SNP在285个硬粒型（Flint）和马齿型（Dent）玉米中检测到，代表了161个来自世界各地的不同品种。

芯片推荐：三文鱼 Axiom® Salmon Genotyping Array
芯片介绍：此款芯片由Affymetrix联合苏格兰的科学家共同开发，包含130,000个SNP标记。芯片上的高密度标记确保了三文鱼基因组的广泛覆盖，又避免了重要区域的代表性不足。此芯片适用于三文鱼复杂性状研究、分子育种、选择进化研究。

芯片推荐：大豆 Axiom® Soybean Genotyping Array
芯片介绍：此款芯片也称为Axiom® SoyaSNP 96-Array Plate，共包括180,961个标记，适用于对栽培和野生的大豆品种进行基因分型。它是全基因组关联研究和高密度遗传作图的理想选择，可确定野生及栽培大豆种质中的重要适应性基因。

芯片推荐：小麦 Axiom Wheat HD Genotyping Array &Breeder’s Genotyping Array

芯片介绍：小麦的基因分型芯片是通过Affymetrix专家设计项目与英国布里斯托大学合同设计的。芯片有两种：高密度（HD）的芯片包含817,000个SNP位点，而Breeder’s基因分型芯片包含35,000个SNP位点。这些芯片上的标记都可以在CerealsDB网站（http://www.cerealsdb.uk.net/）上查询。

SBC也可协助研究者根据实验需求，定制Axiom® myDesign™ Genotyping Arrays。 

服务相关(以Affymetrix SNP6.0芯片为例)
 

样品要求

1.样品纯度：OD 260/280值应在1.7～2.0 之间, A260/A230 > 1.5；RNA 应该去除干净；不含有其它个体或其它物种的DNA污染。
2.样品浓度：浓度不低于55ng/µl；
3.样品总量：每个样品总量不少于2µg 。
4样品溶剂：溶解在Reduced TE (10mM Tris, pH 8,0，0.1mM EDTA)中。
5.样品运输： DNA低温运输（-20℃）；在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染；

服务流程

数据分析

Illumina SNP芯片服务

Omni家族芯片
Omni芯片家族自2009年上市以来，已经提供了一系列灵活的芯片，它们带来了精选自国际HapMap计划和千人基因组计划的常见和稀有变异。有了Omni芯片家族，研究人员能够立即开始新一代GWAS、基因分型和比较基因组研究。

注：Omni家族芯片同款一般有两种类型：一种是芯片的SNP位点固定，另一种是可自定义添加SNP位点。自定义位点是在芯片SNP位点基础上，可自定义添加位点数，N/A表示不能添加。

Human Omni ZhongHua-8 BeadChip芯片服务 （推荐！）
特别覆盖中国人特有的常见和稀有变异

• 第一款人类种群特异的全基因组芯片，经过优化的标签SNP内容来自HapMap所有三个阶段以及千人基因组计划（1kGP），可用于在中国人种群中探索全新的疾病和性状关联。
• 特别覆盖中国人81%的常见变异（MAF> 5%）和60%的稀有变异（MAF > 2.5%），适合全基因组关联研究（GWAS）。
• 采用Illumina**的BeadArrayTM技术，可提供非常高的数据质量，平均检出率> 99%，重复率> 99.9%。

HumanOmni5-Quad芯片服务（推荐！）
人类变异的高密集覆盖

• 4个样品的Omni5芯片特有超过430万个标记物/样品。
•  特有来自千人基因组计划的新颖、常见和稀有变异。除了提供人类变异（MAF低至1%）的密集覆盖，覆盖了基因组中与疾病关联的高价值区域，包括基因区域、MHC区域和非同义SNP。
• 特有来自千人基因组计划的近5000个插入缺失和多碱基替换标记物，能帮助研究人员阐明结构变异如何影响性状和疾病。
• 可自定义的 500K位点让研究变得更具灵活性，可以方便更高密度靶定基因组的特定区域。

动植物全基因组分型芯片解决方案

SBC同时可提供Illumina合作者基于Infinium技术研发的苹果，梨，樱桃，番茄，马铃薯，山羊SNP芯片等。

Illumina定制SNP芯片

iSelect 定制芯片平台

Infinum采用了Illumina**的InfinumHD检测技术，为每一个SNP位点设计一个微珠，反应通过50个碱基的探针和样品杂交，并通过末端单碱基延伸完成，末端双色标记(Cy3,Cy5)来检测该位点的等位基因情况。充分保证了检测的高灵敏性和特异性以及准确性。反应无需PCR，不依赖于限制性内切酶，无需电泳，保证了高质量的数据。

•  高通量的Infinium检测技术，检出率高；
• 除了SNP外，还可以针对拷贝数变异（CNV）进行设计；
• 任意物种、任意位点随意组合。

GoldenGate定制芯片平台
Illumina**的GoldenGate技术是理想的中等通量自定义芯片技术，不仅可以定制SNP基因分型和拷贝数变异（CNV）检测芯片，还可以定制DNA甲基化芯片。

•  低成本的中等通量基因分型解决方案
• 方法经典可靠，为HapMap计划主要应用平台
• 数据质量高，平均响应率﹥99%
• 定制灵活

      科研工作者除可利用HapMap，dbSNP等数据库挑选SNP位点外，Illumina可免费对客户提供的rs号，基因名称，序列或要研究的区域的位置进行生物信息学分析，挑选SNP位点并进行位点实验成功率评分，评分结果返回用户处后和用户沟通一起来确定要进行研究的SNP位点，以合成探针组（OPA），进行基因分型的研究。一个样品可以同时进行96，384，768、1536或3072个SNP位点的研究。

      目前，SBC已经完成的GoldenGate定制SNP芯片项目物种有：人，大豆、鱼等。

Illumina SNP芯片服务应用案例

Illumina Human1M-Duo beadchip array

• JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY:HLA-DRB1*07:01等位基因是拉帕替尼诱导的肝损伤风险增加的预测因子

Illumina Human 610-Quad BeadChips

• 发现汉族人红斑狼疮易感基因