主要应用:1、生物大分子的分子量精确测定2、蛋白质的肽质量指纹图谱检测3、已知蛋白质的高通量检测鉴定4、未知蛋白的部分或全序列分析5、蛋白质/多肽的二硫键定位分析

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与植物和动物代谢组学相比，微生物在生长培养基中浓度较低，具有低浓度代谢物难于检测，胞内和胞外代谢物不易分离等特点。

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来源于电泳的蛋白点，蛋白条带，或者液相制备的纯品固体，液体等，经过适当酶解后，通过高效液相 HPLC，或者质谱 MS进行酶切组分的质量谱检测。

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黄酮醇，类黄酮，花色素等

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随着代谢组学的发展，Clayton等于2006年提出了”药物代谢组学” (pharmaco metabonomics)的概念

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